Chiesa di antica origine, edificata nel VI secolo sopra un area sepolcrale romana divenuta cimitero paleocristiano, che durante la dominazione dei Goti e dei Longobardi divenne una sorta di seconda cattedrale cittadina.

Durante il 1117 uno sciame sismico di eccezionale intensità colpì il nord Italia, e Verona porta ancora oggi i segni delle devastazioni: l'anfiteatro perse il terzo anello, molte chiese e monumenti furono distrutti "eliminando dalla città i ricordi alto-medievali e creando una forte presenza del romanico, lo stile della ricostruzione". Anche la chiesa di SAN GIOVANNI IN VALLE venne rasa al suolo ma nel 1120 fu la prima ad essere ricostruita, con le forme attuali. In origine era stata edificata nel VI secolo sopra un area sepolcrale di epoca romana divenuta cimitero paleocristiano, divenendo una sorta di seconda cattedrale cittadina quando Goti e Longobardi dominavano la città.

Nel XII secolo venne realizzata anche LA COLLEGIATA, una sorta di seminario che ospitava gli aspiranti sacerdoti e che oggi funge da canonica della chiesa; un edificio semplice e anonimo a vedersi che però, con i suoi 900 anni, è la casa abitata più antica della città. La facciata della chiesa è in tufo, divisa verticalmente in tre sezioni che corrispondono alle navate interne. E' semplice e quasi priva di decorazioni: solo un fine ricamo con archetti pensili, una bifora e due piccole finestre laterali circondano il leggero protiro pensile che poggia su minute colonne in marmo rosso e protegge una Madonna affrescata (opera di Stefano da Verona: Madonna con il Bambino, attorniata dai Santi Bartolomeo e Antonio Abate).

Sul fianco destro della chiesa sono visibili il CHIOSTRO ROMANICO, con archi a tutto sesto e colonnine in marmo abbinate, ed il campanile quadrato, romanico nella parte inferiore e settecentesco in quella superiore. L’interno è basilicale, con tre navate absidate divise da un'alternanza di pilastri ed esili colonne di marmo rosso con capitelli corinzi; sulle pareti lacerti di affreschi del XII-XIV secolo e un bel tabernacolo del tardo quattrocento. Particolare attenzione meritano il Battistero ottagonale in marmo greco, il settecentesco ALTARE MAGGIORE in stile barocco e il San Giovanni Battista dipinto da Felice Brusasorzi che è conservato nella sacrestia.

Notevole la CRIPTA presente nei sotterranei della chiesa ed accessibile da due ingressi posti ai lati della scala che conduce al presbiterio. E' divisa in due parti, che corrispondono a differenti epoche di realizzazione: la parte anteriore è a pianta quadrata e contiene otto colonne reimpiegate del IX secolo, mentre la parte posteriore è romanica (XII secolo) con le tradizionali tre navate. In questa parte del tempio sono custoditi due sarcofaghi in marmo greco di pregevole fattura: quello sulla sinistra è un SARCOFAGO PALEOCRISTIANO (IV secolo) scolpito con scene di ispirazione biblica, che secondo la tradizione ospita le reliquie dei santi Simone e Giuda Taddeo; quello di destra è pagano (III secolo) ed era la tomba di una coppia di sposi, raffigurati al centro di una conchiglia sotto cui è rappresentata una scena agreste.

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