L'Alter Ego è nato come locale di tendenza da una idea di Andrea Oliva, Marco Dionigi, Adrian Morrison e Luigi ANdreis nel 1989. Da allora è diventato un punto di riferimento in Italia per chi vuole sentire della musica alternativa.

Lungo due decenni ha visto passare nelle sue consolle deejays come Lil Luis, Tony Humpries, Mousse T., Adamsky, dott.Motte, Dave Piccioni, Cris Coco, Paul Trouble Anderson, Harvey, Ricky Morrison, Benji Candelario, Cj Mackintosh, Gareth Cooke, Coccoluto, Joe T.Vannelli, Massimino, Ralf solo per nominarne alcuni. Ma ha sempre tratto la sua linfa vitale dai suoi storici dj resident Marco Dionigi, Adrian Morrison e Cristian Gucci, con Paolo Martini nel priveé house.

Sotto il marchio Alter Ego sono nati, via via negli anni, il Mazoom (1992), il Gatto e la Volpe (1993), il Kundera (1993), i "Love After Hours" (1994), le "Cene da Gigi" (1996), lo "Speed" (1997), il "Padovaland" (1998) e la "Maratona d'Estate" al Muretto (1995). Nel 1999 nasce l'etichetta discografica AE Records, che porta la musica dell'Alter Ego nei negozi di dischi di tutta Europa.

Dal 2000 i resident deejays hanno deciso di concentrarsi solo sul locale, evitando di fare ospitate in altre discoteche, nasce quindi l'Alter Ego del nuovo millennio ancora più esclusivo e rispettoso per il suo pubblico. Aperto il sabato notte, la domenica pomeriggio e prefestivi, da settembre a giugno.